Гуардиола даде положителен тест за нандролон през октомври 2001 година. Той първоначално беше наказан с лишаване от състезателна права за четири месеца, но след това при обжалването всички обвинения към него бяха свалени.
Прокурорите на КОНИ оспорваха решението той да бъде оправдан за нарушаване на антидопинговия закон, но днешното решение отново потвърди невинността на Гуардиола.
