Зинедин Зидан може да се каже, че има добри спомени от мачовете с Байерн Мюнхен, особено с Реал Мадрид. Той има само две загуби от баварския отбор като футболист и треньор в девет дуела. Освен това Зидан винаги е отстранявал Байерн Мюнхен – в два случая като футболист и в два като треньор (в единия бе асистент на Карло Анчелоти).

Първата загуба на Зизу от Байерн е при неговия етап в Бордо. Той не играе в първия мач в Мюнхен, когато жирондинците падат с 0:2. В реванша играе, а Бордо губи с 1:3.

С Реал Мадрид Зидан взе своя реванш, като има само една загуба на „Олимпиащадион“. Зизу и „белия балет“ губят през сезон 2001/02 в първия мач, но печелят реванша с 2:0 с голове на Гути и Елгера.

През сезон 2003/04 пътищата на Зидан и Байерн отново се пресичат на осминафиналите на Шампионската лига. Реал Мадрид стига до равенството 1:1 в Мюнхен, а в реванша Зидан вкарва много красив гол от въздуха, който помага на „кралете“ да елиминират германския си съперник.

Друг знамети гол дело на Зидан с екипа на Реал Мадрид е срещу друг германски отбор – Байер Леверкузен във финала на Шампионската лига. Попадението на французина е победно и е символ на деветия спечелен трофей от Шампионската лига в историята на Реал Мадрид.

Като треньор Зидан също има много добри резултати срещу Байерн Мюнхен.